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KBA型x射线显微镜的物与像不在同一水平面上，采用双对准方式解决了在靶室安装这套仪器的困难。与通常的光学系统不同，KBA显微镜的伪光轴与实轴夹角8．7486°，设计了观察系统，保证了掠入射角的要求。KBA显微镜的物方孔径角很小，用可见光装调焦深很大，无法满足要求，因此设计了辅助光学成像系统，满足了焦深为±5mm的要求。