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目的明确中国幽门螺杆菌(Helicobacter pylori，Hp)全长vacA基因的等位变异及其与西方主要菌株基因序列的差异。方法从5例胃病患者胃黏膜活检组织中分离培养22个单个Hp克隆，以Western blot确定vacA表型特点，以体外细胞毒性试验确定其活性。然后选择5株有代表性的克隆进行基因组DNA抽提、PCR扩增及vacA基因全序列测定、分析。结果 5株中4株vacA表达阳性。只有1株(5060d)可在体外诱导HeLa细胞产生显著空泡变性。5株vacA基因有相同的信号序列(sla)及相似的编码相对分子质量为37×103和跨膜输出段(outermembrane exporter，OME)的基因序列。4株vacA基因的中间区(编码相对分子质量为58×103蛋白)表现为m2型等位基因，1株为m1型。同型中国Hp vacA基因相似率为97．6％～99．2％，高于西方同型相似率(92．1％)。结论中国人Hp vacA基因与西方菌株相比存在显著的等位变异，形成相对独立的一个亚簇。m2型菌株比m1型菌株常见。细胞毒活性与vacA基因中间区类型有关，而与信号序列无关。