【摘 要】
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人血白蛋白是血浆中含量最高的蛋白,是一种重要的载体蛋白,能与多种内源性和外源性物质结合.人血白蛋白主要有两个药物结合位点,位点Ⅰ和位点Ⅱ,其中位点Ⅱ的柔性较大,对药物
【机 构】
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浙江大学化学工程与生物工程学院,生物质化工教育部重点实验室,杭州310027
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人血白蛋白是血浆中含量最高的蛋白,是一种重要的载体蛋白,能与多种内源性和外源性物质结合.人血白蛋白主要有两个药物结合位点,位点Ⅰ和位点Ⅱ,其中位点Ⅱ的柔性较大,对药物分子的亲和性较高.本文采用分子模拟方法,基于12种结合于位点Ⅱ的小分子-人血白蛋白晶体结构,分析了相互作用能,发现12种分子的结合以疏水作用为主,静电作用为辅.进一步采用丙氨酸扫描和结合能评价,分析结合部位的关键氨基酸残基,探究结合模式的规律性,发现从位点入口到空腔内部存在静电、疏水和杂合的三层相互作用分布,共同形成了稳定的分子结合.最后采用分子对接和分子动力学模拟,预测了L-色氨酸的结合模式.研究结果有助于深入了解人血白蛋白药物位点Ⅱ的小分子结合模式,为基于位点Ⅱ的药物和分离配基的优化设计提供指导.
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