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生长素是控制顶端优势的主导因素,但它对侧芽的抑制作用不是直接的,有可能通过调节第二信使的量来抑制侧芽生长.比较有说服力的第二信使是细胞分裂素以及一种可以通过嫁接转移的未知因子.另外还有研究表明,主茎中生长素的运输抑制侧枝中生长素的运输,从而使侧枝生长受抑制.生长素抑制植物分枝的作用部位是在地上部分的木质部和维管束间的组织形成层中或两者的汇点处.