hTFtarget:A Comprehensive Database for Regulations of Human Transcription Factors and Their Targets

来源 :基因组蛋白质组与生物信息学报(英文版) | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhangbingcug
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
Transcription factors (TFs) as key regulators play crucial roles in biological processes. The identification of TF–target regulatory relationships is a key step for revealing functions of TFs and their regulations on gene expression. The accumulated data of chromatin immunoprecip-itation sequencing (ChIP-seq) provide great opportunities to discover the TF–target regulations across different conditions. In this study, we constructed a database named hTFtarget, which inte-grated huge human TF target resources (7190 ChIP-seq samples of 659 TFs and high-confidence binding sites of 699 TFs) and epigenetic modification information to predict accurate TF–target regulations. hTFtarget offers the following functions for users to explore TF–target regulations:(1) browse or search general targets of a query TF across datasets;(2) browse TF–target regulations for a query TF in a specific dataset or tissue;(3) search potential TFs for a given target gene or non-coding RNA; (4) investigate co-association between TFs in cell lines; (5) explore potential co-regulations for given target genes or TFs; (6) predict candidate TF binding sites on given DNA sequences; (7) visualize ChIP-seq peaks for different TFs and conditions in a genome browser. hTFtarget provides a comprehensive, reliable and user-friendly resource for exploringhuman TF–target regulations, which will be very useful for a wide range of users in the TF and gene expression regulation community. hTFtarget is available at http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtar-get.
其他文献
“丁零零……”闹钟响了,我揉揉眼睛,哎呀,不好,时间来不及了!今天还有比赛呢!我飞快地洗漱完毕,跨出家门.rn坐在车上,我的心一直“砰砰”乱跳,心想要是今天没能讲好故事,不
本文在分析了数字测图的相关知识之后,探讨了一种综合利用3S技术辅助的现代数字测图模式,该模式针对现有测图模式的已知不足,提出先利用goole earth获取测区最近影像,并利用G
“哇!好漂亮耶!在哪儿买的?”你一定不知道这句话在我们班上已经是“公用的名言”了!这到底是怎么回事呢?原来,我们班上甚至整个学校正流行着“文身”!那些图案虽然是名副其
近日,联合国粮农组织(FAO)发布了一则总干事公报,夏敬源被任命为联合国粮农组织植物生产与保护司司长.rn夏敬源于1981年毕业于华中农业大学植物保护专业, 1988年在菲律宾大学
期刊
期刊
全球经济一体化的发展和各国金融管制的逐渐放松,国际资本流动日趋自由化,各国上市公司寻求到困际资本市场海外上市的现象也与日俱增。中固经济的高速增长和改革开放的深度推进
期刊
党委作为一个组织集体,它在社会实践活动中要起到领导作用,总是通过一班人形成一个工作思路,然后再去指导工作的。只有思路正确,才能在实践中获得成功。那么党委怎样才能形
随着财政部等五部委共同制定的《企业内部控制应用指引》和《企业内部控制评价指引》的发布,掀起了企业开展内控自评的热潮,同时也带动了相关学术领域对内控评价的研究。ZS集团作为一个典型的国有大型企业集团,有着50多年的历史,从事轨道交通装备研发制造行业。在国家产业政策的支持下,近十年来ZS集团经营规模呈裂变式发展,下属成员企业众多,其中还有国内外三家上市公司。ZS集团需要掌握下属企业的内部控制效果,这既
乐乐姐姐,又要暑假了,可我不知道我的暑假怎么过.我怕爸爸妈妈又会让我泡在“培训”的海洋里.我该怎么办?