【摘 要】
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目的 探索柯萨奇病毒B组5型(CVB5)感染人恶性胚胎横纹肌肉瘤细胞系(RD)中差异长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,为研究CVB5与宿主之间相互作用分子机制提供参考.方法 CVB5按感染复数(MOI)为1接种RD细胞24 h后提取总RNA.采用转录组测序技术获取细胞中lncRNA差异表达谱;通过聚类分析、GO分析和KEGG通路富集对差异表达转录本进行了生物信息学分析.同时,利用RNAfold软件对lncRNA进行了二级结构预测.结果 与对照组相比,CVB5感染RD细胞后,共有1754个mRNAs和
【机 构】
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昆明理工大学 医学院,云南 昆明650500
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目的 探索柯萨奇病毒B组5型(CVB5)感染人恶性胚胎横纹肌肉瘤细胞系(RD)中差异长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,为研究CVB5与宿主之间相互作用分子机制提供参考.方法 CVB5按感染复数(MOI)为1接种RD细胞24 h后提取总RNA.采用转录组测序技术获取细胞中lncRNA差异表达谱;通过聚类分析、GO分析和KEGG通路富集对差异表达转录本进行了生物信息学分析.同时,利用RNAfold软件对lncRNA进行了二级结构预测.结果 与对照组相比,CVB5感染RD细胞后,共有1754个mRNAs和508个lncRNA呈上调表达,3106个mRNAs和760个lncRNA呈下调表达.差异表达lncRNA的共表达基因主要富集在分子结构活性、蛋白质分子结合和体液免疫反应等生物过程;lncRNA靶基因主要参与嗅觉传导途径、细胞因子受体相互作用和神经活性配体受体相互作用等通路.此外,实时荧光定量PCR验证的7个差异表达lncRNA与测序结果一致.结论 CVB5感染RD细胞后,差异显著性lncRNA主要参与了免疫相关过程,为充分理解lncRNA在CVB5感染中的调控作用奠定了基础.
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