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将大学学术自治与科层制置于大学治理结构视角下理解,两者的关系代表着学术权力与行政权力的运作。学术自治与科层制的平衡共存是现代大学运行的准则。在中国大学治理结构中,资源依赖、制度嵌套下政府对大学的“单向性”主导强化了科层制,功能替代、利益追逐下学术组织对行政级别的“依附式”关系弱化了学术自治。超越学术权力与行政权力的冲突对立,实现学术自治与科层制的良性互动,可从四个方面尝试解决:采用竞争性资源配置方式;行政权力法治化;学术自治在基层学术组织的制度化、程序化;决策权力结构中充分体现教授治校。