独立学院是在一个特定的国家、一个特殊的阶段出现的一个特殊的办学模式。随着1999年的高等教育扩招,“国有民办二级学院”开始以“非公非私”、“亦公亦私”的“灰色”身份大规模出现在中国高等教育的历史舞台。可以说,自它诞生之日起,关于它的争议就没有停止过,不同的研究者从不同的视角来审视这一“教育奇观”。本文借助政策分析法、案例研究法、文献法与访谈法,以理性选择制度主义为理论视角,对独立学院制度的生成、执行、评价与变革进行“全景式”的考察,以探究内蕴的深层逻辑。囿于“穷国办大教育”的现实国情,基层创新主体普通公办高等学校在利益驱动下创生了一种新型的办学模式——国有民办二级学院,弥补了办学经费的不足。地方政府在执行1999年高校扩招政策中面临着上有政策指令、下有百姓压力而政府资源有限的困境。为提升政府统治的合法性,地方政府对国有民办二级学院给予“政策支持”,导致国有民办二级学院“雨后春笋”般出现。针对由于规制不力而出现的违规招生、学生闹事、教育公平等问题,教育部于2003年、2008年分别颁布《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》与《独立学院设置与管理办法》等政策措施来规范独立学院的办学行为,鲜明体现了独立学院制度运行的特点与内容。任何一项教育政策的执行都是一个充满着连续不断的交易、谈判和政治互动的复杂过程。不同的利益相关者处于不同的“制度场域”,被“意义构建”的成分渗透着,往往会采用不同的态度、行为与方式对特定政策加以“阐释”和“践行”,形塑着政策执行的生态。独立学院政策的执行同样受制于中央政府、地方政府与独立学院策略互动,并形成“假独立”、“假民办”、“假优质”的执行生态。中央政府囿于渐进改革下“制度供给”与“制度需求”间的“落差”和政策目标多重冲突的制度逻辑,对地方政府与独立学院的执行失范行为表现出一定的容忍。当政策目标存在多重冲突时,地方政府将会根据利益诉求和地方面临的压力,有选择地追求其中对于自身有利的政策目标,而有意回避和弱化对某些目标追求的动力。在“压力型科层体制”内执行对自身有利的政策目标,而在自由裁量权下通过“重新界定政策”、“‘理性不作为’下的‘共谋”与“用足政策”等方式对不利于自身利益的政策目标变通执行。受制于制度逻辑的路径依赖,为获得更大、更多的利益,独立学院一般采用资源稀缺下的“机会主义”与关系网络中的“政策变通”等方式执行政策目标。独立学院制度在发展过程中往往采取各种措施从社会、政治与行政领域获得合法性,但这种合法性是有限的合法性,因为它并没有获得法律合法性。然而,对于转型期的中国而言,只要能满足社会、政治与行政的需求,缺乏足够法律合法性的独立学院制度也可能继续存在。随着制度环境的发展与思想观念的变化,独立学院制度在未来的发展过程中面临着价值选择危机、公共性危机、程序性危机与有效性危机。在此种情况下,应从建立合理、健全的独立学院产权结构,实施合理的“选择性激励”与建立立体、多元的监督机制,改进教育政策制定系统,重构独立学院“多中心治理”的公共治理结构等方面进行制度设计。