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生态补偿问题是一个生态政治经济学问题，这是因为：首先，从生态补偿的目的来看，生态补偿终极的目的是保护“自然资本”，而自然资本作为生命的支持价值，既包含经济学的内涵，又是一个事关人类生死存亡的政治问题，是国家可持续发展战略的重要组成部分。其次，从生态补偿问题的产生来看，这既是经济的外部性问题，也是整体的公共政治问题，必须依靠国家和政府的公共主体和市场主体两种方式来解决。再次，生态补偿是对社会生态合作所带来的收益与成本的政治经济学安排。