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小檗碱(BBR)作为抗肠道感染的经典药已为人们所熟知,其抑制肠道菌的作用是其治疗肠道感染作用的核心。随着对肠道菌在肠道的生存变化及其相关代谢产物对全身生理病理功能所产生影响的不断认知,越来越多的文献显示BBR可能通过影响肠道菌从而对体内糖脂代谢以及脑功能活动产生影响。本文在此背景下对BBR抑菌作用的研究进行分析综述,并依据原核生物基因表达的特点对BBR可能作用的分子靶点进行分析,以期有助于对BBR调控肠道菌机制的深入研究,从而更全面的认识BBR的药理作用。