【摘 要】
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本文应用了粗粒化分子动力学方法模拟计算了ATP结合盒式输出蛋白沿其构象转变途径反应坐标的平均力势,这个反应坐标被定义为内门和外门质量中心距离之差.计算得到的平均力势
【基金项目】
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supported by the National Natu-ral Science Foundation of China(No.21073170 and No.21273209).
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本文应用了粗粒化分子动力学方法模拟计算了ATP结合盒式输出蛋白沿其构象转变途径反应坐标的平均力势,这个反应坐标被定义为内门和外门质量中心距离之差.计算得到的平均力势能很好地描述不同的向内构象态、向外构象态和阻塞构象状态,以及它们之间的转变.粗粒化分子动力学自由能模拟显示,在向内构象态到向外构象态转变过程中,内门在外门打开之前先行关闭;反之,在向外构象态到向内构象态转变过程中,外门在内门大开之前先行关闭.因此,在向内构象态和向外构象态两种转变过程中,都经过了阻塞构象状态.模拟结果揭示了ATP结合盒式输出蛋白
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