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通过分析动态规划算法及A*算法的特点,针对多序列比对问题提出一种基于A*算法的启发式算法该算法采用了多个优化搜索机制.通过对此算法的理论分析,证明了它能够在有效地减小搜索的空间、节约搜索的时间的同时,保证得到比较好的比对结果.此算法不仅能够在多序列比对问题中得到应用,还能够用于其他有向无环图的最短路径问题的求解.