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亚麻花芽分化始于快速生长期，分化时间较短。花芽分化可划为四个时期：生长点未伸长期，生长点伸长期（花芽分化始期），顶花分化期（花萼原基分化，花瓣原基分化，雄蕊原基分化和雌蕊原基分化，性细胞形成），侧花分化期，花的萼片与叶片结构相似，但同化部分，近上表皮部呈海绵状，近下表皮处呈栏状，这与下表皮一面常见阳光有关；子房上部内表面与胚珠珠柄表面密布腺质茸毛，推测与花粉管定向伸长有关。