【背景】杜仲黑斑病菌(Pestalotiopsis trachicarpicola)是引起杜仲黑斑病的新病原，当前尚未见生防菌对其产生拮抗作用的报道。【目的】从杜仲健康叶片上分离筛选出对P. trachicarpicola DZHBB-1拮抗效果最好的生防芽孢杆菌(Bacillus sp.)，利用16S rRNA基因结合蛋白质编码基因，实现对该菌株的快速准确鉴定。【方法】采用稀释分离法从健康杜仲叶片上分离菌株，通过平板对峙实验和生长速率法进行筛选，联合16S rRNA、gyrA、gyrB基因序列构建系统发育树分析，结合形态学特征及生理生化特性鉴定目标菌株，盆栽试验验证其对杜仲黑斑病的防治效果。【结果】总共分离得到62株芽孢杆菌，初筛出14株对病原菌有较好生防效果的菌株，复筛结果证明菌株J1拮抗效果最好且稳定，抑制率达到66.67%，16S rRNA、gyrA、gyrB基因序列系统发育树分析结果综合显示菌株J1为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。盆栽试验结果显示，该菌能有效防治杜仲黑斑病的发生，防治效果均超过57%。【结论】该菌株具有防治P. trachicarpicola引起相关植物病害的生防潜力，16S rRNA、gyrA、gyrB基因联合鉴定芽孢杆菌，可为快速准确地鉴定芽孢杆菌及其近缘种提供借鉴方法。