目的评价现阶段我国各级医疗机构法定传染病报告率水平,评估2013年我国法定传染病报告率达标情况,为进一步提高法定传染病网络直报工作效率和报告质量提供依据。方法采用分层多阶段整群抽样的方法在全国31个省(区、市)和新疆生产建设兵团抽取9个省116家医疗机构开展现场调查。结果本次调查共收集门诊、住院、医生诊断处方、检验及影像阳性结果共2 384例。全国医疗机构传染病报告率91.87%、医生诊断处方报告率64.85%、阳性检测结果报告率68.66%。不同级别医疗机构传染病报告率的差异具有统计学意义,省级、地市级、县级、乡镇级医疗机构传染病报告率分别为86.67%、92.56%、91.06%、97.16%。在电子病例系统中集成或构建传染病报告管理模块的医院报告率明显高于不具备该管理功能的医院。结论我国医疗机构传染病报告率与"十二五"期间卫生事业规划目标仍有差距。充分利用信息化手段实现传染病及相关数据的实时采集、交换和监控功能,全面提升传染病报告质量。