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目的
通过建立人表皮生长因子受体-2(HER-2)阴性和阳性乳腺癌的蛋白质表达谱寻找二者间的差异表达蛋白，为乳腺癌患者提供新的预后指标和治疗靶点。
方法应用蛋白质组学同位素相对标记与绝对定量(iTRAQ)技术建立HER-2阳性和阴性乳腺癌的蛋白质差异表达谱，分离并鉴定两组乳腺癌的差异表达蛋白，对部分差异表达蛋白进行生物信息学分析，包括蛋白功能注释和分类GO分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。
结果应用iTRAQ对乳腺癌组织进行蛋白组学分析，鉴定出HER-2阳性和阴性组有差异表达的蛋白4 999种，以HER-2(＋)/HER-2(－)≥3为上调标准，确定HER-2阳性组上调蛋白119种。以HER-2(＋)/HER-2(－)≤0.5为下调标准，HER-2阳性组下调蛋白47种。GO分析结果显示HER-2阴性和阳性乳腺癌的差异表达蛋白的分子功能、生物过程、细胞组成较为复杂，并且在上调蛋白和下调蛋白上存在分布差异。KEGG通路分析发现部分差异表达蛋白涉及168条信号通路。
结论HER-2阳性和阴性乳腺癌间存在差异表达蛋白，这些蛋白涉及复杂的分子功能、生物过程和信号通路。