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古近纪之后 ,强烈的构造运动在腾冲形成数个新生代湖盆 ,成为硅藻生存场所。上新世～全新世强烈火山活动为硅藻繁殖提供丰富的物质条件 ,该期的冰期较冷气候为硅藻提供适宜生存的低温冷水条件 ,相对平静的湖湾部位是硅藻大量繁殖和遗赅稳定掩埋的良好场所。这些地质构造、古水文、古气候是硅藻土矿床形成的必要条件。