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假设分子对接面的紧密堆积类似于蛋白质内部的紧密堆积，因此用于蛋白质内部的侧链构象预测方法，如死端排除法，可应用于分子对接面内的侧链构象预测。应用９个晶体结构对这一假设进行检验。结果表明假设基本正确。对２个蛋白酶和抑制剂的应用比较成功。９个配体中的７个有正确的均方根差的趋势。还发现受体结构的柔性较小，说明由于对接面的紧密堆积产生的侧链构象变化很小。根据这些结果，提出一个新的分子对接流程图，即在刚体对