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利用优化后的SSR-PCR体系，以16份番茄品种为材料，从200对SSR引物中筛选出20对多态性“候选引物”，20对引物共检测出52个等位基因变异，等位基因变异范围为2～5个，平均每个位点产生2.6个等位基因变异。通过遗传聚类方法对引物组合鉴别能力分析，结果显示仅用13对引物构成的“引物组合”就可以对66份番茄品种材料进行有效鉴别，利用13对引物组合构建的指纹图谱可作为品种的遗传标签，用于品种真伪鉴定。