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在水下无人航行器（UUV）远程水声通信中利用基阵形成多波束接收信号可以提高接收信噪比，降低通信误码率。但是由于信源与UUV间的相互运动，在接收端需要通过波束切换算法选择输出信噪比最高的波束。由于UUV的通信接收基阵阵元数少，导致接收多波束旁瓣级较高。在这种情况下，对M元频移键控（MFSK）信号调制方式来说，直接比较接收多波束输出信号在通带内能量大小的时域波束切换算法（TDSB）无法正确选择输出信噪比最高的波束，导致通信误码率高。针对这一问题，提出了一种频域波束切换算法（FDSB）。该算法通过在频域中比较各