为找到日本鲭(Scomber japonicus)、澳洲鲭(S.australasicus)和羽鳃鲐(Rastrelliger kanagurta)这三种鲭科鱼类鉴别的新标记,采用形态框架等形态分析方法和线粒体标记的方法开展研究。共分析采自海南的33 ind样本,其中日本鲭19 ind,澳洲鲭9 ind,羽鳃鲐5 ind。形态判别分析显示,利用2个可量参数(体高和眼径)或者3个框架参数[D(2-3)、D(3-5)、D(2-4)]构建的判别公式均能鉴别这三种鲭科鱼类,判别准确率均为100%。通过PCR扩增和测序,获得三种鲭科鱼类的线粒体细胞色素b(Cytb)和控制区(D-loop)序列。经对位排列,得到33 ind样本Cytb和D-loop的一致序列分别为1 118 bp和846 bp。Cytb基因共检出17个单倍型,变异位点195个,其中10个固定位点是日本鲭所特有,8个固定位点是澳洲鲭所特有,147个固定位点为羽鳃鲐所特有;D-loop序列共得到27个单倍型,变异位点239个,其中13个固定位点为日本鲭所特有,10个固定位点为澳洲鲭所特有,182个固定位点为羽鳃鲐所特有。这些固定位点可以作为三种鲭科鱼类鉴别的分子标记。