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通过对比中外应用语言学博士学位论文，我们发现中外博士学位论文结构上的最大区别在于方法论、结果和讨论上的差异，其中方法论的明显缺失直接影响了我国博士学位论文的学术规范和原创性，因为没有科学方法支撑的博士学位论文其研究结论的科学性必然要受到质疑，其所建构的“理论”以及提出的种种所谓的解决问题的“建议”与“策略”只能是空中楼阁。我们对如何在博士学位论文的研究中形成制度性，讲究科学的方法论和方法的氛围提出几点建议。