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1兽药残留的危害药物的代谢途径多种多样，但大多数以肝脏代谢为主，药物一般经胆汁由粪便排出体外，也会通过泌乳和产蛋过程残留在乳和蛋等畜产品中。一些性质稳定的药物被排到环境后仍能稳定存在很长一段时问，从而造成环境中药物残留。这些残留的药物通过畜产品和环境慢慢蓄积于人体和其他植物中，最终汇集于人体，导致人体耐药菌的增加，失去对某些疾病的抵抗力，或因大量蓄积对畜体产生毒害作用。