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从组织行为学的视角剖析，学术组织科层化的实践性困境主要表现在四个方面：科层制建构组织的科层逻辑与学术组织的学术逻辑之间是异质的，使学术组织陷入行动场域困境；科层职务权力侵蚀学术专业权力，使学术组织陷入权力反转困境；制度理性优先专业理性，使学术组织陷入目标倒置困境；“官大学术高”的资源配置路径，使学术组织陷入创新困境。面对科层制对学术组织造成的诸多实践性困境，人们应反思如何规避科层制的弊端，设计出符合学术组织逻辑的治理模式。