说起来，“特事特办”这一办事思路是符合要注重事物的特殊性以及一切从实际出发，不唯上，不唯书，只唯实的哲学基本原理的。但许多时候，这“特事特办”一落实到操作层面，问题就凸显出来了。
　　首先，如何认定“特事”就很有问题。在实际工作中，事“特”不“特”，最终都是由地方“一把手”来一锤定音，来作权威定夺的。“一把手”说这是“特事”，属下的人也就“特办”了。
　　“特事”确定下来后怎么“特办”，也是个问题。对于具体办事员来说，他能够“特”的余地不多，至多不过是加班加点，缩短办事时间，或者在法律、政策允许的范围内简化一些可以简化的程序，仅此而已。而实际中的“特事特办”并不只是这样。时下的“特事特办”很有一些都是以违规违法为前提，以损害国家和人民群众利益为取向的。
　　例如，一些地方政府为了确保辖区的GDP政绩，指使有关部门对所谓的重点企业实行“特别保护”，给这些企业予以特殊待遇。甚至一些企业的老总开车违规，进娱乐场实施违法行为都“一律不得查处”。又如，对一些重点项目用地，采取“未批先用”，“先上车，后买票”，甚至上了车也不买票的“特办”方式。据报道，内蒙古乌兰察布市有一个名为“香港商贸城”的招商引资项目，地方政府与开发商签订了一份离谱的开发协议：免除土地增值税、房产税等7项税和人防费、水电增容费等9项费。
　　毋庸置疑，这类“特事特办”无论从哪个角度看，其负面影响都很明显，甚至是非常严重的。
　　法律面前人人平等，但“特事特办”的做法却多以逾越法律、摒弃法律、无视法律为前提，其行为及其产生的社会效果与 “依法治国”方略是完全相悖的。
　　“特事特办”是长官意志下特权思维的明显折射，是长期以来“权大于法”现象的延续。在“特事特办”中，事“特”不“特”由地方一把手说了算，这就使得原本已经膨胀的权力更加膨胀，而且更加不受监督，更加难以监督。
　　依法行政，既是建立法治政府的根本，更是营建法制社会的前提。在法制社会里，包括政府及其官员在内的一切活动，应严格依照法律法规的既定程序行事。否则，就会由特权来确定“特事特办”，再由“特事特办”膨胀特权，最终导致“特办”的腐败。这既误国误民，也误特权者自己。