【摘 要】
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基因组学研究的主要目标是剖析复杂性状和疾病的遗传结构.数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)定位和全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)已经应
【机 构】
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浙江大学农业与生物技术学院农学系,浙江大学数学系,浙江大学空气污染与健康研究中心,
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基因组学研究的主要目标是剖析复杂性状和疾病的遗传结构.数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)定位和全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)已经应用于遗传育种和药物研制,分析复杂性状和复杂疾病的遗传结构.本文回顾了分析复杂性状和复杂疾病的QTL定位和GWAS的作图方法和软件.PLINK,TASSEL,SNPassoc,GenABEL和ProbABEL是流行的软件,为GWAS提供了许多有用的功能.PLINK是目前最流行的开源全基因组关联分析的工具集,它聚合了用于分析SNP数据的许多功能.TASSEL是另一种流行的软件,整合了Q+K关联分析的诸多方法.SNPassoc、GenABEL和ProbABEL是应用于关联分析的开源代码R软件包.本文对上述提及的GWAS关联分析流行软件作了简要介绍,并介绍了新研制的QTXNetwork分析软件,它可分析QTL和GWAS定位数量性状SNP(QTS)、数量性状转录子(QTT)、数量性状蛋白子(QTP)和数量性状代谢子(QTM).本文还介绍了一些常用的分析软件,例如Windows QTL Cartographer,QTL Express,Map Manager QTX,R/qtl和QTLNetwork.
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