在人类和动物的胃肠道居住着大量的肠道微生物，其与宿主长期共存，由1000多种不同种类以及3.5亿独特的微生物集团组成[1]。近期人类把其当做特定的“器官”去启动人类健康，肠道细菌具有多种功能，如通过发酵未使用能源物质防止有害致病菌生成、协助宿主的免疫系统[2-3]以及治疗某些疾病等。然而，当肠道微生物受损或失调时可导致肥胖[4]、炎症性肠病和相关性疾病[5]。肠道微生物包括需氧和厌氧细菌、病毒、真菌和寄生虫等，肠道细菌有4个主要的类群：厚壁菌门、拟杆菌、放线菌和变形菌[6]。肠道微生物的增殖开始于新生儿接触孕产妇以及环境微生物[7]，婴儿的微生物群有异质性和不稳定性，直到2岁才变得更加稳定[8]，类似于一个成年人的微生物群。一个健康成年人可能有1014个菌落形成单位，人类胃肠道的每个器官所拥有的微生物是不同的，结肠具有最高密度不同微生物行使着不同功能。近年来，国内外学者对肠道微生物功能的研究以及运用已有较大进展。本文对肠道系统中微生物的生理作用及其各种功能作一综述。