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实行会计集中核算制度是建立和完善我国公共财政体系的一项重要措施。它对于加强公共支出管理，提高财政性资金的使用效益，规范非营利组织单位的会计核算，提高会计信息的质量起到了重要的作用。但是，作为一项制度创新，在实践中尚存在许多亟需解决的问题。特别是实行会计集中核算制度后，对卫生系统全额拨款单位取消了财务科，只设报账员，很大程度上削弱了单位的财务管理能力。