为探讨不同轮作模式对稻田土壤微生物的影响,设置水稻-小麦、水稻-油菜、水稻-绿肥、水稻-冬闲4个处理,于水稻收获后采集土壤样品,提取基因组DNA,构建文库,利用Illumina Mi Seq高通量测序技术研究土壤细菌和真菌的丰富度、多样性指数以及门和属水平上的群落结构变化。从12个土壤样品中共获得24 537个细菌OUT和5 882个真菌OTU,其中,变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门、芽单胞菌门为土壤优势细菌门,子囊菌门和担子菌门为优势真菌门。从门的分类水平看,不同轮作模式土壤中细菌和真菌群落各门类组成的比例发生改变。属水平的分析结果也表明,不同轮作模式土壤中细菌前20个优势属的丰度和真菌前10优势属的丰度同样发生明显改变。不同轮作作物改变了土壤中有益微生物的比例,水稻-绿肥和水稻-冬闲处理有益微生物比例高于其他处理。随着轮作作物的改变,土壤生态系统中细菌和真菌群落的组成比例发生了变化。