运用变异系数、基尼系数、泰尔指数、区域分离系数及空间坐标中心法,以GDP和人口数作为衡量新疆区域差异的指标,并从时间和空间两个维度刻画了新疆县域差异的演变规律和特征。研究表明:新疆总体差异变动以2006年为拐点,总体有扩大的趋势;第二产业产值对总体差异的影响程度最大,但影响度有下降的发展势头,而第一产业影响度有所上升,第三产业影响度持续下降,同时产业的地理集聚效应大于结构效应;天山北坡经济带与天山南坡产业带的经济发展水平决定了新疆经济中心向这两个增长轴带偏移,而人口中心与经济中心分离现象趋势加剧;三大地区内差异特别是北疆内各县域的发展差异是目前新疆区域差异扩大的首要原因,同时南疆内部和三大地区间差异对总体贡献率有上升的势头,北疆内部差异有下降态势,区域分离系数也以2006年为拐点呈"U"型结构。最后提出不断提高北疆地区沿边高寒地带县域的发展是新疆在今后发展的主要着力点,不断促进南疆增长轴带发育以辐射周边是新疆利用后发优势发展本区经济的重要发力点。