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目的建立牙周袋龈下菌斑中古细菌分布的基线信息,探讨其分布与牙周病发生的关系。方法运用古细菌通用引物扩增菌斑标本,PCR产物连接TA载体,挑选多个克隆测序。其结果使用数据库比对并构建系统发育树分析。随机采集牙周病患者龈下菌斑标本,按照牙周袋深度分组（A、B、C、D组）,检测并比较各组菌斑中古细菌的检出率。结果测序结果证实扩增产物为古细菌。临床标本中牙周袋较深组（C组和D组）的古细菌检出率显著高于浅牙周袋组（A组和B组）。结论古细菌的检出率随牙周袋探诊深度的增加而增高。提示古细菌可能参与牙周病的发病。