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通过单因素考察结合正交试验的方法,基于反应体系中TaqDNA聚合酶量、DNA模板用量、dNTPs浓度、引物浓度、Mg^2+浓度等5因素4水平条件对ISSR反应体系进行优化。白花蛇舌草ISSR-PCR的20μL最佳反应体系为引物浓度0.5625μmol/L,Mg^2+浓度2.75mmol/L,dNTPs浓度0.375mmol/L,DNA模板量60ng,TaqDNA聚合酶1.25U,2.0μL10×TaqBuffer,其余用ddH2O补齐。该试验建立并优化了白花蛇舌草ISSR-PCR反应体系,为白花