论文部分内容阅读
【目的】马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)是马铃薯病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)代表成员,是马铃薯和烟草生产中分布最为广泛并造成严重经济损失的病毒之一。研究旨在揭示PVY榆林分离物ShX14的全基因组特征,并准确判断其株系分子类型。【方法】根据已经报道的PVY不同基因保守区设计11对简并引物,采用片段重叠法从感染PVY的马铃薯病叶中扩增、克隆获得榆林分离物ShX14的全长序列,并对其序列特征、重组位点、系统发育关系等进行分析。同时,应用系统发育与性状关联分析(phylogeny-trait association analysis)评估PVY分离物与株系的关联性。【结果】测序获得的ShX14分离物核苷酸序列全长为9 724 nt(不含3′端的多聚腺苷酸尾)。该病毒基因组含有一个9 186 nt的开放阅读框,编码3 061个氨基酸的多聚蛋白(polyprotein)。在P3顺反子中+2相位上也发现由移码(reading frame shift)产生的PIPO蛋白。全基因组序列比较分析显示,ShX14分离物与HN2、SYR-NB-16分离物(PVYNTN-NW株系SYR-I型)的核苷酸、氨基酸序列的一致性分别为98%—99%和98%—100%。该分离物的P1、HC-Pro/P3和CP基因的5′端均检测到显著的重组信号,重组位点分别位于2 318、5 674和8 385 nt,与PVYNTN-NW株系(SYR-I型)的重组位点相似。系统发育分析结果显示该分离物与HN2、SYR-NB-16分离物相聚成簇,表明其在系统发育关系上,与PVYNTN-NW株系(SYR-I型)的亲缘关系最近。系统发育分析与性状关联分析结果显示该分离物与PVYNTN-NW株系(SYR-I型)的关联系数(association index,AI)、简约分值(parsimony score,PS)和最大单系分支(maximum monophyletic clade,MC)3个统计检验均显著,表明其与PVYNTN-NW株系(SYR-I型)存在显著的关联性。同时,应用多重RT-PCR成功扩增出约为1 000、600和400 bp的3个特异性片段,与PVYNTN-NW株系(SYR-I型)的特异条带大小相一致。这些结果也进一步确定该分离物属于PVYNTN-NW株系(SYR-I型)。【结论】ShX14分离物为N×O重组分离物,属于PVYNTN-NW株系(SYR-I型),为后续深入开展该分离物的生物学等研究奠定了基础。