旋覆花、湖北旋覆花和线叶旋覆花均为菊科旋覆花属药用植物，其中湖北旋覆花为我国特有。为分析比较旋覆花属3个物种的基因组序列差异，进而为该属植物分子鉴别和种质资源开发提供科学依据，本文采用二代测序技术对旋覆花属3个物种的总DNA进行测序，使用NOVOPlasty成功组装了完整的叶绿体基因组，然后用CPGAVAS2对3个基因组的基因组成及重复序列进行了分析比较。最后用RAxML对旋覆花属3个物种及其近缘物种进行了系统发育分析。结果显示，旋覆花、湖北旋覆花和线叶旋覆花的叶绿体基因组全长分别为150 754、150 909、150 812 bp，均由一个大的单拷贝区（LSC）（82 427、82 552、82 474 bp），一个小的单拷贝区（SSC）（18 431、18 453、18 434 bp）和一对反向重复序列（IRs）（24 948、24 952、24 952 bp）组成。基因组注释结果显示，3个物种均共编码111个不同基因，包括79个蛋白编码基因、28个tRNA基因和4个rRNA基因。旋覆花、湖北旋覆花和线叶旋覆花叶绿体基因组G/C含量分别为37.72%、37.71%、37.71%；分别共检测到32、33、34个简单重复序列；18、22、18个串联重复序列和33、37、38个散在重复序列。系统发育分析结果表明，旋覆花属3个物种与阔苞菊聚在一起；表明旋覆花族与千里光族亲缘关系较近，可能起源于千里光族，而非菜蓟族。本研究为研究旋覆花属物种鉴定、亲缘关系、进化历史与遗传多样性研究奠定了坚实的基础。