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为了建立HIV蛋白酶抑制剂QSAR的优良模型,本文采用粒子群优化法搜索支持向量机的多参数复杂模型空间,以此形成最优支持向量机。通过与传统的梯度下降法、网格搜索法等模型选择方法的比较,采用并行计算的基于PSO算法的最优支持向量机法在模型精度及稳定性、搜索效率等方面都有优良的性能,实例测试也表明所建QSAR模型,有良好的泛化能力,所建模型对研究HIV药物有重要促进作用。