弊端之一：破坏土地资源配置
　　无疑，土地储备制度的建立，破坏了土地资源的自由流动。土地储备制度的建立，使政府绝对垄断了一级土地市场，成了土地的供应商。政府以最低价把土地收回，并绝对控制土地供应量以寻求最高价位，土地资源完全掌握在土地储备中心手里，打破了土地市场的自然供需平衡，同时往往使城市闲置土地增加，而且由于没有合理的预期，没有预期的谈判对象，土地储备机构不愿意出让土地，使城市中的闲置土地可能会被更长期的闲置，所以，一方面是大量土地被闲置，一方面，大量的用地方没有土地可用。
　　
　　弊端之二：破坏企业竞争
　　市场经济的根本法则之一就是竞争。土地储备制度的出现使得所有的“水”从土地储备中心流进流出，土地真正进入市场成为一句空话。在这一制度下，出卖方和买方都没有更多的选择余地，市场竞争在政府行政意志下不再存在本来的意义。同时，这一制度提高了市场准入成本，使大批中小房地产企业由于没有实力退出市场竞争，妨害了企业竞争；最终带来的结果是大企业与土地储备中心共同垄断土地市场，有些大的房地产企业开始退化为土地“批发商”，企业不思进取却有钱可赚，破坏了优胜劣汰的竞争秩序。
　　
　　弊端之三：危害金融资产的安全性
　　土地储备中心在回收土地时，所要支付的回收资金自己并没有，大部分都要靠银行贷款，其实本质上是政府利用本身的行政权力进行贷款，增加了金融机构与行政权力的依赖，妨害了金融改革；而且，土地在收回后，政府并不清楚什么时候才能把土地卖出去，何时还贷。另外，目前土地储备中心的法人资格模糊不清，是企业法人还是行政法人没有明确的规定，所以，承担怎样的责任，也没有明确规定。央行刚刚出台的121号文件，就规定了限制给土地储备机构贷款。在目前土地价格节节攀升的情况下，一些大银行也开始参与炒卖土地，银行风险提高。
　　
　　弊端之四：哄抬地价，侵害民生
　　土地储备制度建立后，政府追求土地收益的最大化，所以在土地拍卖过程中，政府有意限制土地供应量，并且地价上不封顶，谁出价高谁拥有土地，所以，很多城市的地价飞速攀升，造成的结果是房地产开发成本中的土地成本所占比例越来越高，房价飞速上升，最终由老百姓来买单。另一方面，大企业垄断二级土地市场，形成土地市场的庄家，进行土地炒作,牟取暴利。
　　
　　弊端之五：破坏农业经济
　　郊区土地由于面积大、靠近城市，发展潜力巨大，所以最有可能获取最高利润，是土地储备机构最看好的。城乡结合部农村土地经常被以行政手段征用收回，农民的利益受到侵害，而且大量的耕地被破坏闲置。由于各种原因，土地补偿金也不能全部到农民手里，农民失去了赖以生存的土地，国家农业经济安全受到威胁。
　　
　　 弊端之六：损害政府公信力
　　世界的潮流是各国政府正在积极退出市场，成为服务型的政府。市场经济条件下，政府只是一个中立者，不应该参与市场竞争，更不应该与民争利。但土地储备制度使政府直接参与到土地市场中去，既当运动员，又当裁判员，依靠行政手段垄断了土地市场与土地拍卖市场。地方政府在追求土地收益最大化的同时，大量财富向政府转移，在有效监督机制缺位的情况下，很容易形成暗箱操作，这违背了WTO的透明化原则。同时财富很难实现取之于民，用之于民，政府形象受损。
　　
　　弊端之七：引发腐败
　　土地储备制度在操作中存在着很大的不透明性，很多环节都有暗箱操作的可能，比如在《担保法》规定政府不能担保贷款给第三方情况下，仍然由政府担保贷款给土地储备机构，其间回旋的余地很大，在土地的收购、收购定价、拆迁过程中，最容易产生猫腻；国家对土地出让金的合理利用和有效监管不到位，很难保证国家和人民的利益受到侵害，很难保证土地官员不贪污腐败。
　　
　　弊端之八：提高社会的管制成本
　　由于与土地储备制度相关的法律、法规严重不配套，所以在收购拍卖、支付方式、支付过程等环节经常会出现很多问题，提高了土地利用的成本；这一制度威胁到了政府的公信力和权威性，会带来严重的社会后果，政府要想重新树立权威，必须要付出很高的代价，国家为了保证金融安全，也必须承担更高的风险，付出更高的成本。
　　
　　 弊端之九：增加社会不安定因素
　　土地储备制度的不合理，使土地价格无节制上升，造成的最后结果就是老百姓必须承担过高的房价，同时使炒楼等投机行为增加，民间舆论怨声不断；农民特别是城乡结合部的农民的土地被低价收购，使他们陷入生存的困境，不得不大量流进城市，带来很多社会不稳定因素；用于收购土地的大量银行贷款增加了国家金融风险，不利于社会的稳定和发展。