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行业院校是我国高等教育体系中的一个特殊群体，在国家和区域创新体系建设中发挥着不可替代的作用。随着行业院校划转地方管理后，逐渐产生了办学经费较为紧张、原行业优势和特色逐渐淡化等问题。在“十一五”期间，这些问题逐渐暴露出来，尽管也有相应的探讨，但一直没有很好的解决方略。因此，在“十二五”期间应当继续深化高等教育管理体制改革；不断加强与地方经济社会发展的结合度；大力培养行业特色应用型人才；打造特色学科，提高核心竞争力以及促进高等教育体系的不断完善和优化；进一步推动原行业院校争取行业和地方的双重支持，适应新的发展