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根据烟草的类型和起源，干烟叶的微生物含量在１０＾３￣１０＾７ＣＦＵ（群落形成单位）／ｇ之间变化。烟叶上发现３种微生物：细菌、酵母和真菌。Ｐｈｉｌｉｐ Ｍｏｒｒｉｓ欧洲室的工作表明，将收获后的烟叶进行热处理和干燥，几乎只能选出有抗性的形成孢子的杆菌属革兰氏阳性菌。干烟叶上的优势种是短小芽孢杆菌、枯草杆菌、巨等孢杆菌和地衣型芽孢杆菌。其他杆菌、如短杆菌、环状芽孢杆菌、多粘芽孢杆菌、强固芽孢杆菌、凝固芽