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【目的】从基于分子标记研究所遭遇的困境入手，总结标记开发的最新进展，为未来DNA分子标记的开发提供新的研究思路。【方法】结合作者的研究经历，综合分析相关文献资料，从功能标记的开发手段、特点及应用前景等方面进行了阐述。【结果】与早期从基因组中随机DNA序列开发出来的匿名性DNA标记相比．从控制生物表型的序列或序列模体，开发可检测功能基因多态性的DNA标记（称为功能标记），具有多方面的优点，使其成为标记开发的新阶段。分子生物学的快速发展、特别是功能基因组学的发展和研究结果，为功能性DNA标记（功能标记）的开发