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以山茶属（仇靴f2缸）植物为实验材料，通过在PCR反应液中加入二甲基亚砜（DMSO）来改进ITS区的扩增效果，并对获得的序列进行了相关的比较分析以及系统发育分析。分析结果表明：（1）PCR反应液中添加4％的DMSO能明显提高ITS的扩增效率，并能有效防止ITS假基因的扩增；（2）与功能拷贝相比，ITS假基因序列的ITSl和ITS2区存在多处碱基缺失，Gc含量明显偏低，5.8S区二级结构稳定性降低；（3）应用ITS假基因进行种水平的系统发育分析会对其真实的系统关系造成影响，提示进行系统进化研究时应警惕假基因