新冠肺炎疫情发生后，海关总署相关司局负责人在2020肉类产业发展大会上表示，已经致函涉及输华冷链食品的105个国家（地区）的主管部门，并与有条件的国家（地区）主管部门召开视频会议，请其按照联合国粮食及农业组织（FAO）和世界卫生组织（WHO）发布的相关指南要求，实施有效监管；指导督促输华食品企业落实FAO和WHO发布的对企业指南，加强员工防护，从源头上防止新冠病毒污染食品和包装，保证食品安全管理体系的有效运行。截至9月7日，海关总署与99个国家（地区）召开视频会议121次，中方的倡议得到了出口国的广泛支持和响应。
　　为确保源头管控措施落实，海关总署加强督促检查，通过视频检查系统对境外主管部门和企业落实FAO和WHO相关指南情况、食品管理体系运行情况进行远程抽查。每次检查均要验证国家（地区）、官方主管部门、企业等三个层面有关防控政策和措施的落实情况，重点关注厂区入口、车间、员工食堂等人员密集的关键区域。截至9月7日，海关总署累计抽查30个国家（地区）的76家肉类、水产品、乳制品、冷凍水果企业。从抽查情况看，出口国家（地区）主管部门和企业积极履行承诺，加强源头管控，严防污染风险。但也有部分企业存在员工口罩手套佩戴不规范、洗手时间不够、消毒处理措施不足等问题，被抽查企业均承诺将积极整改，出口国家（地区）主管部门也表示将督促所有输华食品企业对照抽查发现的问题进行自查，确保完全符合安全防护有关规定。
　　此外，针对一些国家（地区）部分输华冷链食品生产企业发生聚集性感染事件等情况，海关总署密切跟踪境外冷链食品企业疫情情况，分析潜在安全风险，及时采取风险防范措施。截至9月7日，海关总署对发生员工感染新冠肺炎的19个国家的56家冷链食品企业采取了暂停进口措施，其中有41家企业系自主暂停对华出口。全国海关还对进口冷链食品开展新冠病毒风险监测，截至9月7日，共抽样检测样本50多万个，覆盖产品样本、内外包装样本、集装箱内壁等样本。在这些样本中，7月3日大连海关和厦门海关从来自厄瓜多尔3家企业1个集装箱内壁样本、5个外包装样本中检出新冠病毒核酸阳性，其他样本均为阴性。
　　海关总署表示，中国海关将继续加强与出口国家（地区）主管部门合作，加强源头管控，严防进口包括肉类在内的冷链食品生产、加工、储存、运输过程中受到新冠病毒及其它有毒有害物质污染，加强口岸风险监测，严厉打击违法行为，保障进口食品安全，同时积极推进贸易便利化。另外，督促进口商落实责任，积极开展境外出口商、境外生产企业审核，严禁进口不符合我国法律法规和食品安全国家标准的产品，保障进口食品安全，增强消费者信心。