采用松鼠源肠道样品进行细菌分离培养和细菌16SrRNA基因PCR扩增、测序分析,并进行纸片扩散法药敏试验。结果显示,在33只赤腹松鼠肠道中分离出117株细菌,赤腹松鼠肠道内细菌类群主要有葡萄球菌属(金色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、松鼠葡萄球菌)、埃希菌属(大肠埃希菌)、芽胞杆菌属(蜡样芽胞杆菌、Weihenstephanensis芽胞杆菌、苏云金芽胞杆菌、Samanii芽胞杆菌、枯草芽胞杆菌)、肠球菌属(粪肠球菌)、克雷伯菌属(肺炎克雷伯菌)、假单胞菌属(荧光假单胞菌)、明串珠菌属(肠膜样明串珠菌);粪肠球菌、肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌对大部分试验药物高度敏感,其他细菌对部分受试药物耐药。赤腹松鼠肠道细菌种群具有多样性,且存在天然耐药现象。本研究为进一步研究野生动物体内细菌携带天然耐药基因提供了素材,也为森林旅游开发的安全性评估及环境保护提供了参考。