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灵芝属传统分类方法都以灵芝的外部形态及担孢子的特征为主，根据形态解剖学差异而建立的，至今仍在分类研究中占据着主导地位。但是形态学特征是细胞的基因型与外界环境因素综合作用的结果，环境因素的差异常导致分类结果与系统进化的不一致性，因此寻找不受环境条件影响的客观分类指标，开发利用新的、稳定的分子标记已经成为传统分类研究的重要的补充内容。目前，人们正在从蛋白质和核酸水平来研究灵芝的分子系统学，尤其是在核酸水平已经取得了显著的效果。通过对核糖体RNA基因核苷酸序列分析研究结果表明，它不仅具有辨别科或属的专一功能，而