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目的研究临床分离的肺炎链球菌菌株的血清型和重要毒力因子碱基序列的保守情况,为临床肺炎链球菌疫苗的使用和蛋白质疫苗的研发提供参考依据。方法收集2010~2013年重庆医科大学附属儿童医院11岁以下儿童中分离的46株肺炎链球菌,用多重PCR进行血清型分型。同时PCR扩增肺炎链球菌的11个毒力基因ply、lytA、nanA、phtD、clpP、cps2A、bacteriocin、psaA、piaA、pcsB和stkP,测序后分析碱基序列的突变情况。结果 46株肺炎链球菌共检出13种血清型,其中19A(19.57%)为最常见的血清型,其次为23F和19F(各占15.22%)。临床菌株毒力基因ply、lytA、nanA、phtD、clpP、cps2A、bacteriocin、psaA、piaA、pcsB和stkP的碱基序列保守性分别为97.82%、96.31%、82.96%、87.50%、98.48%、83.68%、66.27%、99.46%、98.63%、88.72%和96.67%。结论在重庆地区儿童感染的肺炎链球菌中,血清型19A分布比例最高,本地区儿童接种肺炎链球菌疫苗时应首选含有19A血清型荚膜多糖抗原的PCV13疫苗。毒力因子ply、stkP、piaA、lytA、clpP和psaA基因在临床菌株中保守性较高,具有作为肺炎链球菌疫苗候选蛋白质的潜力。