"十三五"国家科技创新规划提出的"推进新型抗虫棉、抗虫玉米、抗除草剂大豆等重大产品产业化",给转基因作物的种植管理提出了考验。由于商业化种植的转基因作物种类少,且不包括粮食作物,我国在转基因种植管理上经验不足。选取美国这一转基因作物种植大国作为比较对象,对比两国转基因作物种植前审批程序、种植者的管理义务、减少转基因作物与非转基因作物混杂的管理手段三个方面的差异,认为转基因作物的法律定性,知识产权制度和标识制度,各方主体实施隔离措施、承担损害的能力是差异生成的主要原因。我国宜结合国内的农业环境,在转基因生物安全管理布局上着眼于实质性的风险,并由农业主管部门、转基因作物研发主体、转基因作物种子经营主体合力对种植者进行指导,以避免混杂带来经济纠纷,并降低对生态环境的影响。