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通过单因素试验及正交设计方法对影响蚬壳花椒ISSR-PCR扩增的主要因素（模板DNA、Mg2＋的浓度、引物、dNTPs,TaqDNA聚合酶的用量以及退火温度）进行优化,以建立蚬壳花椒ISSR-PCR反应的最佳体系。结果表明：最佳反应体系（20μL）为模板DNA 60ng、MgCl2 2.5mmol/L、dNTPs 0.15mmol/L、引物0.6μmol/L、TaqDNA聚合酶2.4U。在此基础上,从100条引物中筛选出18条扩增稳定、多态性好的ISSR引物并经过10份蚬壳花椒种质检验,证明该体系具有扩增