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斑纹薄鳅（Leptobotia zebra）最初是由Wu（1939）描述的一个新种，当时定名为斑纹沙鳅（Botia zebra），后来Chen（1980）根据眼下刺不分叉将其改归为薄鳅属的物种。本研究通过对线粒体DNA细胞色素b基因序列的测定和分析，发现斑纹薄鳅和薄鳅属（除斑纹薄鳅）物种间的平均遗传距离为0.177，和中华沙鳅属物种美丽沙鳅（Sinibotia pulcher）的平均遗传距离仅为0.057。系统发育分析发现斑纹薄鳅并未和薄鳅属的物种聚在一起，而是和中华沙鳅属物种美丽沙鳅聚在一起形成姐妹群。