1 难点
　　从实际工作经验分析，畜禽养殖档案管理难点主要表现为以下几点。
　　档案建立容易，很难完善。畜禽养殖档案涉及的工作范围、工作量很大，从内容上分析，既有养殖企业的名称、养殖代码、防疫编号及畜禽种类，还包括养殖场分布图和免疫、生产、病死禽畜的处理等。很多养殖场都觉得档案的建立会浪费大量的人工和时间，还不会对养殖场产生经济效益，只是应付上面和相关部门检查，随便填写数据，使档案中的各项记录与数据失真。
　　易抽查，难普查。随着我国禽畜养殖场的逐年增加，畜禽场养殖规模也越来越大，要了解养殖档案实际情况，只有以抽查的方式完成，想开展普查工作，十分艰难。
　　很难筹资完成档案的统一印制。我国《畜禽标识和养殖档案管理办法》有着明确的规定，要求各畜禽养殖场使用的档案要由我国农业部统一完印制，而地方养殖档案一般是以县级以上的主管部门进行印制，再对养殖场与养殖户进行免费的发放。可是，因为县级的财政紧张，经费不足，很难筹集到资金，也就很难完成档案的统一印制与发放。
　　2 对策
　　要扩大畜禽养殖建立档案的宣传，提高养殖户的档案意识，了解档案的重要性。通过政府相关政策与财政的支持，保证畜禽养殖档案的顺利建立与发展。政府要通过统一的财政拨款进行档案的印制，对畜禽养殖户统一发放，而养殖户也要以旧档案进行新档案的换取。
　　国家以相关的强制措施，明确管理部门，防止多部门管理的发生，使部门责任与分工更清楚，而且管理部门要进行定期的监督和抽查，检查畜禽养殖户的档案填写情况，内容属实与否，对乱填和漏填的养殖档案，不给予优惠政策等手段来控制。要克服畜禽养殖档案中的管理难点，就要以积极的态度，争取做到专款专用，真正把畜禽养殖档案管理工作落实到位。畜禽养殖档案管理难点的解决对策有以下几方面内容。
　　做到专款专用。把畜禽养殖档案的建立归入到地方财政管理的预算之内，这也是畜禽档案管理的基本前提，相关畜禽管理部门也要积极做好管理工作，真正为地方政府的管理出谋献策，得到财务部门支持的前提下，使畜禽养殖档案建立的专项经费实现专款专用。
　　把两个强化进一步落实。两個强化即强化的一方面指强化相关人员责任，包括养殖主、上级主管领导、执法人员等责任。坚持以养殖主与上级主管领导为重点，通过培训班和资料发放等形式，使相关人员责任进一步加强。
　　做好我国《中华人民共和国畜牧法》与《畜禽标识和养殖档案管理办法》学习与宣传，使责任意识深入人心，通过管理和监督，对畜禽养殖场正确填写档案信息，完成档案的保存。强化的另一方面指强化典型案件的检查和处理，以养殖场负责人作为档案的建立与完善主体，当作畜禽养殖档案管理相对的人员，一定要通过多种形式进行《中华人民共和国畜牧法》的宣传，提高养殖档案的管理工作意识，使养殖档案建立并进一步完善。与此同时，还要扩大养殖档案监督管理和检查的力度，要定期不定期的进行养殖档案管理的专项行动。对没有根据规定建立起养殖档案的养殖场，在耐心教育的同时，还要以强硬的手段督促整改，如果没有效果，也可以通过法律查处和媒体曝光等行动，保证畜禽养殖档案的顺利建立与完善。
　　以“三个结合”解决养殖档案管理的问题。建立起畜禽养殖档案和示范场创建结合在一起的形式，通过标准化的示范建立起养殖档案，如果不能建立养殖档案，就要予以否决。
　　把养殖档案和无害处理补贴结合在一起，通过生猪的规模养殖和病死猪的无害处理等补贴，通过养殖档案无害处理记录作为依据进行相应的补贴。
　　把畜禽养殖档案和畜牧业扶持的项目结合在一起，通过对生猪养殖规模的申报和为禽产品的相应扶持，实现规模化养猪和无害化处理等资金的补贴，要优先扶持档案完备的畜禽养殖场，由项目建设使养殖档案进一步完善，还要对档案信息做好实时的更新。