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分子动力学模拟存在空间和时间的复杂性，并行加速分子的模拟过程尤为重要。基于GPU硬件数据并行架构的特点，组合分子动力学模拟的原子划分和空间划分的并行策略，优化实现了短程作用力计算Cell Verlet算法，并对分子动力学核心基础算法的GPU实现做了优化和性能分析。Cell Verlet算法实现首先采用原子划分的方式，将每个粒子的模拟计算任务映射到每个GPU线程，并采用空间划分的方式将模拟区域进行元胞划分，建立元胞索引表，实现粒子在模拟空间的实时定位；而在计算粒子间的作用力时，引入希尔伯特空间填充曲线方法来