论文部分内容阅读
继黄禹锡事件后，干细胞领域又曝出假论文风波。面对学术造假，人们的视线从造假人身上转到刊登文章的编辑部。作者、审查者、编辑，这三方到底谁该负起责任？
8年前，韩国干细胞科学家黄禹锡宣称“用卵子成功培育出入体胚胎干细胞”，成为科学史上臭名昭著的丑闻。
但是科学探索不会就此停滞。在“黄禹锡事件”之后，仍有不少研究人员在不断推动人体胚胎干细胞的发展。
不久前，美国一个备受尊崇的课题组称，他们利用类似于克隆多利羊的方法制作出了个体化的人体胚胎干细胞，引发举国震动。
然而，造假悲剧再次上演。
成功来得太快？
5月15日，美国俄勒冈国家灵长类动物研究中心Shoukhrat Mitalipov带领的团队在《细胞》杂志发表了一篇颇具分量的论文。
科学家表示，他们成功地将人类皮肤细胞重组为可在体内转化成任何其他类型细胞的胚胎干细胞。这项实验中制造出的干细胞携带的DNA来自一位遗传病患儿。
他们从人体卵母细胞中移出含有DNA的细胞核，然后将其与胎儿或8个月大婴儿的皮肤细胞融合，制造出携带皮肤细胞DNA的胚胎。然后，科学家可以使用这些胚胎去制造胚胎干细胞，理论上可以形成任何人体的细胞类型。
在制造人体胚胎干细胞之前，该研究小组多年来在羊、老鼠、牛、猪等动物身上进行了无数的试验。尽管动物试验成功了，但人类受精卵或卵母细胞对这些技术的反应却不好。
为此，他们基于对猴子的实验经验，对操作过程进行了微调。
由于操作过程中必须进行细胞核移植，但是人体卵母细胞过于脆弱，很容易在操作过程中被损坏。所以该研究小组没有在融合无核卵母细胞和核工体细胞时使用电脉冲，而是让细胞暴露于灭活病毒的表面蛋白质。据称，这种技术早在多利降生之后就失宠了。
他们还在移除细胞核和细胞融合过程中，在沉浸卵母细胞的介质中加入了咖啡因。Mitalipov表示，咖啡因可以稳定卵母细胞质中的关键分子，帮助并和细胞得以重新编码，形成胚胎状态。如果没有咖啡因，仅有11%的体细胞移植胚胎能够发育到胚泡期（blastocyst stage），但无法形成胚胎干细胞。添加咖啡因之后，23%的体细胞移植胚胎可以形成囊胚（blastocysts），其中一半可以产生胚胎干细胞。
经历了无数次的尝试与失败，该课题组终于取得了“出入意料的成功”（《科学》，2013/5/17）。随之迎来的是无数的鲜花与掌声，仿佛诺贝尔奖已经在向Mitalipov招手。
“这篇论文很了不起。”纽约干细胞基金会体细胞核移植（SCNT）研究人员Dieter Egli曾表示，“希望我们能重复他们的结果。”
波士顿儿童医院干细胞研究人员George Daley则表示，该结果是“数年辛勤耕耘后来之不易的一场胜仗”。
但是，美好总是短暂的。
为什么会重蹈覆辙？
最权威的杂志，最受尊敬的课题组，如此完美的组合肯定是句句真言。但是，总有人冒天下之大不韪。在文章发表后不久，就有读者指控该论文存在“图片重复使用”等问题。
5月22日，PubPeer网站上首先有人匿名指出，这篇论文中存在很多不一致的地方。该网站是论文在发表之后同行进行评议的网站，评论家可以表示他们对文章的担忧，作者可以就疑问进行回应。尽管这不是网上第一次出现匿名反对者。
人们指出，该论文中有些图片不止出现了一次，而且标签还不同，有的人类克隆胚胎的图片标签出现了错误。
网民开始纷纷质疑，如此高规格的杂志，如此重磅的论文在发表之前是怎么进行审查的？有人甚至猜测，这篇论文甚至根本就没有经过审查。
这是多年以来，一直困扰科学出版界的问题。比方说，期刊和审稿人有多少责任去检测论文中出问题的图片，不管是不是无心之过。为什么在经历了2005年的惊天大骗局后，出版单位还会重蹈覆辙？
但据美国《科学》杂志网站5月31日报道，迄今为止，并没有任何迹象表明这篇论文存在欺骗行为。
“这只是无心之过。”本研究资深作者Mitalipov谈到文中有两处图像出现了混淆。但他也告诉媒体，本文的第一作者Masahito Tachibana“整个人都垮了”。
但是Mitalipov和他的同事非常有信心他们会经受住这次考验。他的团队获得的细胞株（cell line）已经送到了其他实验室，预计很快就能得到结果的证实。
干细胞科学家也很沮丧，他们的领域再一次遭遇重创。有些人说他们非常努力地复制Mitalipov的结果。即便图像复制和标记错误很快就得到更正一《细胞》和作者表示他们正在进行修正——达特茅斯学院计算机学家Hany Farid警告这种案例所带来的影响远远超过细胞研究实验室本身。
“突然公众开始思考我们到底在做什么。”Farid说，科学的进展比较缓慢是非常自然的，而且也很重要，尤其是当成果可能会与众不同的时候。
究竟是谁之过？
在这个匿名指控的第二天，《细胞》杂志就发表声明，承认“作者出现了一些微小的错误”，并为自己异乎寻常的快速审查做出辩护。
课题组在4月30日正式提交了研究成果，短短4天就得到了杂志的同意。如此迅速的反应不得不让人感到诧异。
《细胞》杂志总编辑Emilie Marcus在对《科学》杂志的邮件中写道：“审稿人很快就回复了他们的评论，并建议要通过这篇论文。我们非常注重对作者的服务，而且由于本论文的吸引力和重要性，我们决定加班加点也要保证在接受和出版这篇论文之间的间隔达到最短，以保证大众媒体不会先下手为强。”
既要抓住热点增加曝光率，又需要尽可能的核查事实，同时做到这两点几乎是不可能的。 “这些事情都会发生的。”MlkC英国国家医学研究所干细胞研究人员Robin Lovell-Badge表示。但他也指出，出于时间的压力，可能会出现更多的错误。
“我觉得问题的责任在于作者、编辑和审稿人三方。他们都没有找出这个错误。”Lovell-Badge说。
《科学》杂志在2004和2005年发表了韩国科学家黄禹锡的干细胞“研究成果”，结果发现是欺诈行为。《科学》执行编辑Monica Bradford表示，她对《细胞》杂志的同行表示同情，“我了解他们的处境。你从超级兴奋到‘天哪’。你会觉得说，‘为什么我们会犯这种错误？’”
黄禹锡事件发生时，Bradford还在《科学》工作。她感叹道，黄禹锡的骗局具有长久的影响。当时，《科学》委托斯坦福大学化学家John Brauman进行了外部报道，调研未来应该如何进行提升。
“最基本的就是制定一系列步骤，将可能会吸引大众关注的论文进行更加详细的修正，仔细地找出其中的错误、失实报道、欺骗或是明目张胆的欺诈。”Brauman报道的作者写道。
黄禹锡的案件中存在故意的图像处理，因此之后《科学》开始在修改阶段检查所有论文中的数据，并使用Photoshop软件进行图像的常规分析。
“我的信任程度与刚参加工作时相比，已经完全不同To”Bradford说，“在干细胞领域，我们非常谨慎，可能都已经过于谨慎了。”但是其他受到质疑的论文也继续悄悄混进来，比方说一个研究声称XMRV的病毒造成了慢性疲劳综合征。后来这篇论文被撤消了。
“这就像是在玩儿打地鼠。我们一直在努力。”Bradford说，“但是完全做不到尽善尽美，这就是为什么我非常同情《细胞》。”
《科学》及其他期刊使用的软件不是用来检测重复的图像。恰恰相反，它可以展示出各种不恰当的图片处理。Marcus拒绝透露《细胞》杂志是不是使用图像分析技术。在2006年《纽约时报》一篇关于筛选图像的报道中，她表示不想对所有事情都产生怀疑。
“为什么说‘我们相信你，但不是在这一个领域？’而且我不喜欢说‘我们在任何方面都不相信你’。”Markus告诉《纽约时报》的记者。
“我不认为我们应该依靠民众去审查”研究论文，Farid正在研究一种商业化软件，可以检测重复的图片和其他图像处理。审稿人已经“超负荷工作了”，Farid认为期刊必须承担起责任。
（本文部分内容编译自《科学》杂志）
8年前，韩国干细胞科学家黄禹锡宣称“用卵子成功培育出入体胚胎干细胞”，成为科学史上臭名昭著的丑闻。
但是科学探索不会就此停滞。在“黄禹锡事件”之后，仍有不少研究人员在不断推动人体胚胎干细胞的发展。
不久前，美国一个备受尊崇的课题组称，他们利用类似于克隆多利羊的方法制作出了个体化的人体胚胎干细胞，引发举国震动。
然而，造假悲剧再次上演。
成功来得太快？
5月15日，美国俄勒冈国家灵长类动物研究中心Shoukhrat Mitalipov带领的团队在《细胞》杂志发表了一篇颇具分量的论文。
科学家表示，他们成功地将人类皮肤细胞重组为可在体内转化成任何其他类型细胞的胚胎干细胞。这项实验中制造出的干细胞携带的DNA来自一位遗传病患儿。
他们从人体卵母细胞中移出含有DNA的细胞核，然后将其与胎儿或8个月大婴儿的皮肤细胞融合，制造出携带皮肤细胞DNA的胚胎。然后，科学家可以使用这些胚胎去制造胚胎干细胞，理论上可以形成任何人体的细胞类型。
在制造人体胚胎干细胞之前，该研究小组多年来在羊、老鼠、牛、猪等动物身上进行了无数的试验。尽管动物试验成功了，但人类受精卵或卵母细胞对这些技术的反应却不好。
为此，他们基于对猴子的实验经验，对操作过程进行了微调。
由于操作过程中必须进行细胞核移植，但是人体卵母细胞过于脆弱，很容易在操作过程中被损坏。所以该研究小组没有在融合无核卵母细胞和核工体细胞时使用电脉冲，而是让细胞暴露于灭活病毒的表面蛋白质。据称，这种技术早在多利降生之后就失宠了。
他们还在移除细胞核和细胞融合过程中，在沉浸卵母细胞的介质中加入了咖啡因。Mitalipov表示，咖啡因可以稳定卵母细胞质中的关键分子，帮助并和细胞得以重新编码，形成胚胎状态。如果没有咖啡因，仅有11%的体细胞移植胚胎能够发育到胚泡期（blastocyst stage），但无法形成胚胎干细胞。添加咖啡因之后，23%的体细胞移植胚胎可以形成囊胚（blastocysts），其中一半可以产生胚胎干细胞。
经历了无数次的尝试与失败，该课题组终于取得了“出入意料的成功”（《科学》，2013/5/17）。随之迎来的是无数的鲜花与掌声，仿佛诺贝尔奖已经在向Mitalipov招手。
“这篇论文很了不起。”纽约干细胞基金会体细胞核移植（SCNT）研究人员Dieter Egli曾表示，“希望我们能重复他们的结果。”
波士顿儿童医院干细胞研究人员George Daley则表示，该结果是“数年辛勤耕耘后来之不易的一场胜仗”。
但是，美好总是短暂的。
为什么会重蹈覆辙？
最权威的杂志，最受尊敬的课题组，如此完美的组合肯定是句句真言。但是，总有人冒天下之大不韪。在文章发表后不久，就有读者指控该论文存在“图片重复使用”等问题。
5月22日，PubPeer网站上首先有人匿名指出，这篇论文中存在很多不一致的地方。该网站是论文在发表之后同行进行评议的网站，评论家可以表示他们对文章的担忧，作者可以就疑问进行回应。尽管这不是网上第一次出现匿名反对者。
人们指出，该论文中有些图片不止出现了一次，而且标签还不同，有的人类克隆胚胎的图片标签出现了错误。
网民开始纷纷质疑，如此高规格的杂志，如此重磅的论文在发表之前是怎么进行审查的？有人甚至猜测，这篇论文甚至根本就没有经过审查。
这是多年以来，一直困扰科学出版界的问题。比方说，期刊和审稿人有多少责任去检测论文中出问题的图片，不管是不是无心之过。为什么在经历了2005年的惊天大骗局后，出版单位还会重蹈覆辙？
但据美国《科学》杂志网站5月31日报道，迄今为止，并没有任何迹象表明这篇论文存在欺骗行为。
“这只是无心之过。”本研究资深作者Mitalipov谈到文中有两处图像出现了混淆。但他也告诉媒体，本文的第一作者Masahito Tachibana“整个人都垮了”。
但是Mitalipov和他的同事非常有信心他们会经受住这次考验。他的团队获得的细胞株（cell line）已经送到了其他实验室，预计很快就能得到结果的证实。
干细胞科学家也很沮丧，他们的领域再一次遭遇重创。有些人说他们非常努力地复制Mitalipov的结果。即便图像复制和标记错误很快就得到更正一《细胞》和作者表示他们正在进行修正——达特茅斯学院计算机学家Hany Farid警告这种案例所带来的影响远远超过细胞研究实验室本身。
“突然公众开始思考我们到底在做什么。”Farid说，科学的进展比较缓慢是非常自然的，而且也很重要，尤其是当成果可能会与众不同的时候。
究竟是谁之过？
在这个匿名指控的第二天，《细胞》杂志就发表声明，承认“作者出现了一些微小的错误”，并为自己异乎寻常的快速审查做出辩护。
课题组在4月30日正式提交了研究成果，短短4天就得到了杂志的同意。如此迅速的反应不得不让人感到诧异。
《细胞》杂志总编辑Emilie Marcus在对《科学》杂志的邮件中写道：“审稿人很快就回复了他们的评论，并建议要通过这篇论文。我们非常注重对作者的服务，而且由于本论文的吸引力和重要性，我们决定加班加点也要保证在接受和出版这篇论文之间的间隔达到最短，以保证大众媒体不会先下手为强。”
既要抓住热点增加曝光率，又需要尽可能的核查事实，同时做到这两点几乎是不可能的。 “这些事情都会发生的。”MlkC英国国家医学研究所干细胞研究人员Robin Lovell-Badge表示。但他也指出，出于时间的压力，可能会出现更多的错误。
“我觉得问题的责任在于作者、编辑和审稿人三方。他们都没有找出这个错误。”Lovell-Badge说。
《科学》杂志在2004和2005年发表了韩国科学家黄禹锡的干细胞“研究成果”，结果发现是欺诈行为。《科学》执行编辑Monica Bradford表示，她对《细胞》杂志的同行表示同情，“我了解他们的处境。你从超级兴奋到‘天哪’。你会觉得说，‘为什么我们会犯这种错误？’”
黄禹锡事件发生时，Bradford还在《科学》工作。她感叹道，黄禹锡的骗局具有长久的影响。当时，《科学》委托斯坦福大学化学家John Brauman进行了外部报道，调研未来应该如何进行提升。
“最基本的就是制定一系列步骤，将可能会吸引大众关注的论文进行更加详细的修正，仔细地找出其中的错误、失实报道、欺骗或是明目张胆的欺诈。”Brauman报道的作者写道。
黄禹锡的案件中存在故意的图像处理，因此之后《科学》开始在修改阶段检查所有论文中的数据，并使用Photoshop软件进行图像的常规分析。
“我的信任程度与刚参加工作时相比，已经完全不同To”Bradford说，“在干细胞领域，我们非常谨慎，可能都已经过于谨慎了。”但是其他受到质疑的论文也继续悄悄混进来，比方说一个研究声称XMRV的病毒造成了慢性疲劳综合征。后来这篇论文被撤消了。
“这就像是在玩儿打地鼠。我们一直在努力。”Bradford说，“但是完全做不到尽善尽美，这就是为什么我非常同情《细胞》。”
《科学》及其他期刊使用的软件不是用来检测重复的图像。恰恰相反，它可以展示出各种不恰当的图片处理。Marcus拒绝透露《细胞》杂志是不是使用图像分析技术。在2006年《纽约时报》一篇关于筛选图像的报道中，她表示不想对所有事情都产生怀疑。
“为什么说‘我们相信你，但不是在这一个领域？’而且我不喜欢说‘我们在任何方面都不相信你’。”Markus告诉《纽约时报》的记者。
“我不认为我们应该依靠民众去审查”研究论文，Farid正在研究一种商业化软件，可以检测重复的图片和其他图像处理。审稿人已经“超负荷工作了”，Farid认为期刊必须承担起责任。
（本文部分内容编译自《科学》杂志）